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11月11日上午8点,第六届噬菌体国际学术研讨会暨第六届超级细菌感染与噬菌体防治前沿论坛在复旦大学附属中山医院盛大召开。11日的会议围绕“噬菌体前沿技术”“中国-比利时噬菌体治疗高峰对话”等议题展开精彩的讨论。
会议开场,复旦大学上海医学院副院长、上海噬菌体与耐药研究所所长、大会主席朱同玉教授回顾了噬菌体的研究发展历史,并总结了近几年国内噬菌体治疗所取得的一系列成就,表达了对噬菌体治疗的肯定和期许,并预祝此次大会圆满举办。
上海市卫生健康委员会一级巡视员衣承东教授肯定了噬菌体在控制耐药菌感染中的应用价值,并对噬菌体的临床转化应用予以厚望,相信未来在控制耐药菌感染的道路上,噬菌体将继续发挥重要的作用。
上海市经济和信息化委员会刘平副主任对本次大会的成功举办表示祝贺,同时指出未来研究要坚持临床与科研相结合,瞄准关键核心技术攻坚克难,并期待未来噬菌体研究团队能够再接再厉,打造出具有国际水平的临床试验中心。
俞云松,浙江省人民医院
俞云松教授在本次会议上向在场观众介绍了国内外耐药细菌的流行情况。碳青霉烯耐药革兰阴性杆菌(CRO)是目前全球威胁最大的耐药超级细菌,碳青霉烯耐药铜绿假单胞菌(CRPA)在烧伤感染中位居我国革兰阴性菌首位,都严重影响了院内感控的管理和医患的健康。更重要的是,在CRPA流行新克隆不断形成的过程中,其毒力和致病性也随之增高。俞教授认为,在抗生素治疗以及疫苗的研发困难、临床治疗效果不显著的背景下,噬菌体有望成为CRPA治疗的重要武器,值得科研团队进一步探索。
童贻刚,北京化工大学
童贻刚教授在此次会议上向我们介绍了ssRNA噬菌体的种类及其在纳米医学领域的用途。通过对比ssRNA噬菌体mRNA疫苗与传统疫苗的技术路线和生产成本,童教授认为,ssRNA噬菌体制备流程简便,能够大幅节约生产成本。作为一种新型的疫苗研发平台,ssRNA噬菌体mRNA疫苗能够克服和弥足传统疫苗的不足,在疫苗领域具有巨大的潜力。
病原菌抗噬菌体感染防御系统
关键效应蛋白功能机制
欧阳松应 福建师范大学
欧阳松应教授在本次会议上向我们介绍了病原菌抗噬菌体感染防御系统关键效应蛋白的功能机制,分别阐述了病原体感染与宿主系统间相互作用机制、致病菌通过小分子与核酸等激活宿主信号通路机制以及致病菌效应蛋白功能机制等内容。致病菌效应蛋白功能机制主要阐述了“从致病菌入侵宿主促生殖”和“致病菌自我免疫抗入侵”两个方面的攻防策略。欧阳教授将嗜肺军团菌 (Lesionella preumophita)作为致病菌研究模式物种进行了相关研究,同时提出了目前仍需解决的重要问题。他表示,致病菌感染机制研究、CRISPR-Cas系统效应蛋白功能机制研究,都可为靶向抗致病菌策略提供了更多思路。
噬菌体若干真核细胞特性的发现与机制研究
刘冰,西安交通大学
刘冰教授围绕噬菌体中存在的多重真核细胞特性,分别从DNA和RNA两个层面对其展开了深入的研究。研究发现,噬菌体通过对自身DNA进行修饰来逃避细菌防御系统的攻击,也可以加速自身复制。基于对噬菌体基因组修饰的分析,刘冰教授团队首次在噬菌体中发现了革兰阳性菌RNA聚合酶的噬菌体抑制蛋白,并阐释了抑制的分子机制,提出了一种全新的排除DNA型的抑制模式,在噬菌体与宿主相互作用领域具有重要的研究价值。
噬菌体基因组编辑的基础及应用研究
陶攀,华中农业大学
陶攀教授在本次会议上从两方面向我们介绍了噬菌体基因组编辑的基础及应用研究。一是噬菌体基因编辑,天然的噬菌体资源通过基因改造形成改造噬菌体(工程噬菌体),陶教授总结了目前包括CRISPR-Cas系统类型的选择、CRISPR-Cas靶向位点的选择、用于重组的野生型噬菌体的剂量以及下一代噬菌体基因编辑技术的发展方向等问题在内的几大挑战。会上,陶教授还向大家介绍了工程噬菌体的疫苗递送系统,详细阐述了T4噬菌体作为病毒样颗粒疫苗递送系统的研究成果。
利用“合成进化”在实验室定制噬菌体
易啸,深圳先进技术研究院
易啸教授汇报了如何利用合成生物学,在实验室实现“合成进化”,以定制噬菌体。基于合成进化的研究背景,易教授就“实验室中生命体进化规律不明”这一研究痛点与挑战,采取开发和利用生物学技术,高效探索适应性地形图,从而获得进化规律并对其加以利用。通过开发出靶向性人工DNA复制体 (TADR)技术,以快速进化大片段DNA,从而实现在活细胞里快速进化一个基因,最终实现“噬菌体定制”,噬菌体疗法或将不再靠天吃饭,为噬菌体临床治疗提供一条新的路径。
段屹,中国科学技术大学
段屹教授研究团队长期关注非感染性疾病,如共生菌群对疾病和健康的影响。段屹教授介绍在会议上介绍,共生菌群对心血管、消化、呼吸系统有不同程度的影响,其中肠道微生物和肝脏密切相关。会议上,段教授着重介绍了对酒精性肝炎的相关研究。通过收集100例酒精性肝炎病例并比较肠道菌群发现,样本组的粪肠球菌数量远远超过正常组,且其分泌的细胞溶素的毒力作用与病人病情加剧和死亡发生息息相关。通过使用特异性靶向产细胞溶素粪肠球菌的噬菌体可明显改善酒精性肝炎,展现了噬菌体疗法对于改善非感染性肠源性疾病的潜力。
袁静,首都儿科研究所
袁静团队通过研究发现,高产乙醇肺炎克雷伯菌是导致自酿酒综合征的病因之一,可诱导非酒精性脂肪肝(NAFLD),并提出了“内源性酒精性脂肪肝病”病因假说。实验证明,噬菌体鸡尾酒疗法能够降低耐药率,扩大宿主谱的同时逃避免疫系统攻击。另外,研究发现噬菌体在体内外均可特异性靶向裂解高产乙醇肺炎克雷伯菌,抑制酒精产生,有效治疗NAFLD。这些研究结果都表明了靶向性肠道菌群的噬菌体治疗是一个新的、具有前景的治疗策略。
“饥饿”治疗研究
李龑,浙江大学医学院附属第二医院
我国的乳腺癌防治形势尤为严峻,其发病率不但高于欧美发达国家,而且增速超过世界平均水平。李龑教授团队利用生物淘选技术,在展示随机多肽序列的噬菌体文库中,筛选获得具有血管生成素亲和力的多肽序列。李龑教授团队研究了工程化噬菌体在体内的肿瘤靶向能力及血管生成素结合能力,发现其能显著抑制肿瘤血管的生成作用,并证实了该噬菌体对乳腺癌的靶向治疗效果及生物安全性。李龑教授团队率先尝试将工程化噬菌体作为肿瘤靶向治疗试剂,并完成乳腺癌治疗的研究,克服了常规的血管生成抑制剂容易引发毒副作用的难题。
个体化噬菌体联合抗生素治疗耐多药呼吸系统感染的临床探索
周泱,深圳市第三人民医院
随着耐多药细菌感染逐年升高,抗生素新药更替缓慢,导致大量无药可治耐多药细菌感染病例出现,噬菌体治疗耐药细菌的个案报道逐年增加,成为感染领域新的热点。然而,噬菌体治疗安全性和治疗效果仍有待验证。周泱老师团队收集了反复抗生素治疗超过半年来都无效的MDR细菌感染患者,通过个体化噬菌体与抗生素联合治疗呼吸道耐多药细菌感染,确定了一种安全有效的新的治疗方法,为临床上多重耐药的细菌感染提供了诊疗依据。
土壤病毒群落补偿宿主抵御铬胁迫的分子解毒机制
叶茂,中国科学院南京土壤研究所
来自中国科学院南京土壤研究所的叶茂副研究员在本次会议上向我们介绍了铬胁迫下土壤中病毒群落补偿宿主抵御的分子解毒机制。从细菌群落及功能的装配机制、病毒群落及功能的装配机制、宿主与病毒装配过程的交互作用三个方面阐明铬污染条件下,土著病毒物种及功能基因的随机装配机制可有效协助宿主抵御逆境胁迫,并且促进铬解毒宿主的群落装配,向着更加可预测的确定性方向发展。
土壤病毒组与抗生素耐药基因
苏建强,中国科学院城市环境研究所
来自中国科学院城市环境研究所的苏建强研究员在本次会议上介绍了不同区域土壤中病毒组分析和抗生素耐药基因的分布转移情况。团队对森林、农业、城市土壤中提取到的基于基因组的病毒组进行分析,比较了不同区域土壤中耐药基因的分布情况,研究了土壤噬菌体中携带的耐药基因及介导耐药基因水平转移的情况。
根际噬菌体的生态功能与调控
王孝芳,南京农业大学
由土传病原菌引起的土壤生物障碍会导致粮食减产,威胁一体化健康(One health),亟需靶向性强的阻控土壤病原菌的新理论和新技术。南京农业大学的王孝芳老师以土壤青枯菌生物障碍为对象,基于宏基因组测序解析了根际噬菌体组-病原青枯菌互作特征,阐明噬菌体侵染削弱病原菌致病力、定向调控根际微生态的作用机制,提出通过优化噬菌体施用方法提升噬菌体消减土壤生物障碍效率的策略,为建立完善噬菌体靶向消减土壤生物障碍的微生态疗法提供了理论和技术体系。
全球尺度活性污泥系统中病毒群落的结构与功能多样性研究
樊祥宇,济南大学
活性污泥系统主要依赖于微生物群落对污水进行净化,但对其中病毒群落的结构和功能分布研究较少。济南大学的樊祥宇老师研究了病毒在活性污泥中的全球地理性分布模式、结构功能多样性、感染动力学、病毒的时空性分布规律等核心问题,深入阐述其中的微生物群落的多样性和作用机制,有望更好地利用活性污泥为人类服务。
Phage therapy in China
乐率,陆军军医大学
在此次论坛上,乐率教授对噬菌体疗法的历史、现况以及将来做了一个总结性汇报。2017年,上海噬菌体与耐药研究所成立拉开了国内噬菌体治疗的历史帷幕;2018年,国内首例噬菌体治疗案例让噬菌体治疗一战成名。近年来,随着噬菌体治疗的发展,国内也出台开展噬菌体治疗相关政策。基于噬菌体治疗的研究积累,乐教授指出目前噬菌体疗法作为一个“新兴”疗法,还存在着很多亟待解决的问题:部分患者没有合适的噬菌体、个性化治疗的过程中,患者的等待时间长、病原体无法清除、缺乏高质量临床试验、难以申请药物以及监管法规不完善等。乐教授也指出将来的工作重点应为建立高质量噬菌体库、预制鸡尾酒制剂、分析感染失败的机制、建立工程噬菌体、开展RCT临床试验以完善法律法规。
One health and microbiome editing
李明,中国科学院微生物研究所
来自中国科学院微生物所的李明教授首先展望了目前细菌学前沿研究领域,介绍了“New tech leads to new insights into disease”“患者自身携带的定植菌移位导致感染”“免疫-菌群平衡变化是否导致疾病和衰老”等前沿议题,指出抗生素对病原菌与益生菌无差别杀仍是其无法克服的局限性。李明教授课题组原创性地发现CRISPR护卫RNA,发现了CRISPR效应物对一个全新毒素 - 抗毒素系统的调控作用,并证实了其多能性。首次揭示了CRISPR-Cas的自私特性,即偶联TA实现细胞成瘾,提出了“CreTA and CRISPR for double killing-ATTACK”的概念并分享了对该策略对临床分离的碳青霉烯耐药菌株应用。
比利时专场
本次大会在11日下午特别设置了比利时专家交流专场。欧盟对噬菌体产品的监管处于领先地位,为世界范围内的噬菌体法规制定提供了参考。比利时在噬菌体治疗、监管方面都居于领先地位,为了扩大噬菌体治疗的应用范围,比利时联邦药品和保健产品局制定了地方制剂(magistral formulations)法规,将噬菌体制剂定义为“医生根据个体患者开具的、在药房制备的药物成分”,而不是一种药物,确保噬菌体制剂能够用于耐药菌感染患者的个体化治疗。本次会议特邀比利时阿斯特丽德女王军队医院的专家团队进行噬菌体临床治疗经验的交流和监管法规的分析。
来自比利时的专家Jean-Paul PIRNAY在本次会议中通过与Queen Astrid Military Hospital的Gilbert VERBEKEN和Sciensano的Pieter-Jan CEYSSENS专家进行连线,向我们分享了比利时等欧洲地区的噬菌体临床应用进展,分享了比利时目前耐药菌的临床现状和噬菌体在治疗超级细菌时所面临的问题。除此之外,专家介绍了比利时和欧洲等地现有的噬菌体治疗监管法规,从噬菌体与致病菌之间的关系切入,提出了噬菌体作为药物治疗,需要遵循的药物许可,认为噬菌体作为个性化治疗需要多方的参与,进行规管与质量监控。除此之外,在谈到噬菌体药物的现状和未来时,比利时重点介绍了经过13年研究人员的不懈努力以及时间的沉淀,噬菌体疗法临床治疗监管法律法规在不断完善的过程中面临的问题以及相应的解决方案,以及比利时如何形成成熟的噬菌体治疗的产业体系的过程。
本次研究生论坛在分会场1举行。来自陆军军医大学的廖彬佑博士介绍了表面寄生菌调节宿主细菌的基因表达,影响宿主细菌对噬菌体捕食的易感性;上海噬菌体与耐药研究所的李建辉博士揭示了一例患者在噬菌体治疗后肺炎克雷伯菌虽未清除,但细菌致病力下降、临床症状改善的机制;温州医科大学的唐泌然博士展示了一种基于噬菌体-宿主免疫协同,不同受体噬菌体优势互补、针对不同免疫态高毒力肺炎克雷伯菌(hvKp)感染个体的个性化精准噬菌体疗法;吉林大学的赵日虹博士发现裂解酶S2-4通过水解K1血清型肺炎克雷伯菌荚膜多糖,使病原体对宿主免疫系统的清除敏感;上海交通大学的薛一冰同学向我们介绍了肺炎克雷伯菌噬菌体治疗小鼠肺克肺炎和乳腺炎的相关研究;来自江苏省农业科学院的吴立婷同学针分离了一株禽源烈性噬菌体,鉴定了生物学特性及裂解力,并在环境中应用评价其对产气荚膜梭菌的消减效果。
在11日研究生论坛基础研究专场中,中国科学院微生物研究所的刘超同学发现CRISPR-Cas系统中广泛存在的一种基于小RNA的自调控机制,回答了CRISPR-Cas系统如何协调Cas蛋白和crRNA表达,揭示了一种作用于转录水平的anti-anti-CRISPR新策略;中国科学院南海海洋研究所的古嘉瑜同学介绍了铜绿假单胞菌IV型菌毛突变与宿主-噬菌体互作的研究,比较了原噬菌体对铜绿假单胞菌MPAO1和PAO1基因和结构功能的影响;河海大学的李席席同学介绍了一株以溶藻弧菌E110的荚膜多糖为主要吸附受体的短尾科噬菌体HH109,其尾丝蛋白gp02具有降解其荚膜多糖的功能;贵州医科大学的丁国庆同学从生物信息学、裂解谱、生化特性方面介绍了dsRNA噬菌体phiNY编码的肽聚糖水解酶NYLy17的抗菌活性;大理大学的刘洪柏玉同学给大家讲述了分离筛选的7株布鲁氏菌噬菌体,进一步研究后有望应用于医疗和布病疫情防控。
11日会议现场精彩掠影
本文转发自上海噬菌体与耐药研究所
此次会议将全全程进行图片直播。
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上 海 噬 菌 体 与 耐 药 研 究 所
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