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宏基因组二代测序对不同类型结核病的诊断价值

2022-02-27作者：论坛报木易资讯

感染非原创

结核病是由结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）感染引起的传染病，快速诊断是结核病临床诊治的第一步。

宏基因组二代测序技术（metagenomic Next-Generation Sequencing，mNGS）是一项能对微生物脱氧核糖核酸含量进行高通量测序的技术。目前mNGS对结核病的诊断价值尚缺乏评价，对于MTB检出报告的解读尚存疑惑。

本研究对同期进行MTB常规诊断方法及mNGS检测的患者进行回顾性分析，比较mNGS与其他诊断方法对结核病的诊断价值，为商业化试剂的规范使用提供依据。

结果

实验室检测结果：

在临床诊断的165例结核病中（肺结核100例，肺外结核65例），mNGS检出MTB阳性99例，3例肺结核同时检出MTB和曲霉，38例肺结核同时检出MTB和细菌，mNGS共检出了27例其他结核病病原学检测均为阴性的病例（其中20例为肺外结核）。40例非结核的患者中涂片法、培养法、Xpert 及mNGS均未检出MTB。mNGS检测结果28例为感染性疾病，其中20例为细菌感染（灌洗液16例，脑脊液1例，胸腔积液2例，关节积液1例），5例为真菌感染（灌洗液曲霉阳性3例，脑脊液隐球菌阳性2例），3例为非MTB病（灌洗液2例，淋巴结穿刺1例）。12例恶性肿瘤mNGS检测结果：7例灌洗液检出细菌，3例胸腔积液未检出病原菌，1例心包积液未检出病原菌，1例淋巴结穿刺未检出病原菌。

mNGS报告的解读：

MTB阳性检出序列数为1~1 100，MTB检测阳性者最终均诊断为结核病，无假阳性；真菌和细菌检测阳性者均根据临床、影像学和其他检测结果综合判断后进行临床干预。结核组中38例检出细菌的肺结核患者中， 20例参考mNGS结果进行了针对性的抗感染治疗，18例只进行了抗MTB治疗；3例曲霉阳性的患者，1例为肺结核空洞曲霉球，只进行了抗结核治疗，2例同时进行抗MTB和真菌治疗；非结核组28例感染性疾病和5例真菌感染患者均参考结果调整了抗生素；3例非结核分枝杆菌病（NTM）患者，因非NTM 1次mNGS结果尚不能作为确诊依据，但因高度疑似均进行了针对性治疗，最终例经分枝杆菌培养和淋巴结活检后确诊为感染；12例恶性肿瘤考虑为感染的患者中3例进行了针对性的抗生素治疗，4例未进行临床干预。本研究中mNGS检出2种以上细菌者73例。

mNGS诊断结核病的效率及与其他诊断方法的比较：

以临床诊断结果为参考标准，mNGS诊断结核病的敏感度为60%（99/165，95%CI0.5~0.7），特异度为100%（40/40，95%CI 0.9~1.0）；阳性预测值为100%（99/99， 95%CI0.9~1.0）；阴性预测值为38%（40/106，95%CI0.3~0.5）。mNGS诊断结核病的敏感度高于涂片法（11%，18/165）、Xpert（44%，72/165）及培养法（23%，38/165），差异均有统计学意义（均P<0.001）。

mNGS诊断不同类型结核病的效率比较：

以临床诊断作为参考标准，mNGS诊断肺结核的敏感度为59% （59/100），高于涂片法（15%， 15/100）和培养法（26%， 26/100），差异均有统计学意义（均P<0.001），但与Xpert（52%， 52/100）相比差异无统计学意义（P=0.09）；mNGS诊断肺外结核病的敏感度为62%（40/65），显著高于涂片法（5%，3/65）、 Xpert法（31%，20/65）及培养法（19%，12/65），差异均有统计学意义（均P<0.001）。mNGS对肺外结核的诊断敏感度略高于肺结核，但差异无统计学意义（P=0.09）。

mNGS在肺结核与肺外结核中MTB检出率的分布情况：

在肺结核组中：继发性肺结核63%（38/60），结核性胸膜炎23%（7/30），纵隔淋巴结结核4/5，支气管结核10/10。在肺外结核组中：结核性心包膜炎0/5，泌尿系统结核5/10，结核性脑膜炎83%（25/30），淋巴结结核8/15，骨关节结核2/5。见图1、2。

upfile

结论

综上所述，mNGS作为单一检测项目使用时，诊断结核病敏感度、特异度和阳性预测值显著高于涂片法及培养法，对肺外结核的诊断的敏感度高于Xpert法，对结核性脑膜炎具有极高的诊断价值。因此，对疑难危重病例及肺外结核，mNGS不失为一种高效的诊断方法，但对于轻症的疑似筛查患者则需权衡利弊，值得推荐于临床规范地使用。

作者：孙雯雯顾瑾范琳

单位：同济大学附属上海市肺科医院上海市结核病临床研究中心上海市结核（肺）重点实验室

本文原载于中华结核和呼吸杂志, 2021,44(2) : 96-100. DOI: 10.3760/cma.j.cn112147-20200316-00343

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