鼻咽拭子、痰、BALF属于呼吸道标本，能较好地反映上呼吸道或下呼吸道菌群状态，这类标本通常能检出多种微生物，其中多数可能为呼吸道常见定植菌。临床医师需在mNGS检出的众多微生物中筛选可能的致病菌，筛选过程参考的因素包括微生物自身特性(致病性、条件致病、定植及传染性等)、序列数(绝对序列数和占此标本中的相对比例)、特殊环境暴露史或病史、临床症状及检查等。呼吸道标本检出的微生物相对复杂，通常会检出序列数较多的定植菌，此时需要考虑其相对丰度，即该物种占这份标本中所有微生物的比例。

如何有效精准地解读呼吸道标本mNGS结果已成为临床医师关心的重点问题，呼吸系统标本mNGS检测结果解读需遵循以下原则：

(1)检出结果需结合临床表现、实验室检查及胸部影像学；

(2)检出结果需结合其他传统微生物报告，并通过其他检测技术进行交叉验证；

(3)结合检出微生物的种类、特异性序列数级相对丰度判断其为致病菌、定植菌还是背景菌；

(4)若单一标本无法判定是否致病微生物，有条件情况下可结合多个不同类型标本的检测结果判断。

健康人群鼻咽、口咽部存在定植微生物群，但其中一些微生物在健康宿主中也可在特定情况下致病，如由于既往病毒感染造成的损害、宿主免疫力下降或呼吸道上皮屏障的物理破坏。根据标本来源、微生物的量以及白细胞数量来区分定植和感染是很关键的。对于mNGS报告解读，需熟悉定植病原体的种类。

常见呼吸道确定的致病病原体如MTB、肺炎支原体、沙眼衣原体、肺炎衣原体、百日咳博德特氏菌、军团菌属、耶氏肺孢子菌、诺卡菌属、组织胞浆菌、球孢子菌属、隐球菌属、皮炎芽生菌及病毒等，此类病原体一旦检出即使序列数少仍需考虑致病微生物可能大。另有一些少见的呼吸道确定病原体如土拉弗朗西斯菌、鼠疫耶尔森菌、类鼻疽伯克霍尔德菌、贝纳柯克斯体、鹦鹉衣原体、布鲁菌、沙门氏菌属、多杀巴斯德菌、水痘带状疱疹病毒、寄生虫。但仍需注意某些环境和水源性微生物，军团菌等致病菌也存在水源污染可能，判读需谨慎。

MTB DNA提取困难，而污染的可能性低，有研究主张在种或属水平上至少有1条特异性序列时被认为是阳性。当mNGS报告中检出序列数较低的MTB时，可要求检测机构对检出特异性序列进行复核，或对原始标本进行其他方法验证以确定检出的真实性。例如送检BALF标本，mNGS报告出1条MTB序列时，也应高度重视：一方面可要求报告出具方回溯检测流程和质控，对原始标本进行PCR验证；另一方面可加做Xpert MTB/RIP等MTB特异性检测方式进行确认。MTBC中4种分枝杆菌的基因组序列具有很高的相似性，因此建议关注MTBC特异性序列数，而不是某单一物种的特异性序列。Miao等将MTB特异性序列数(属或种水平)在细菌列表中排名前20位时被定义为阳性。因此，MTB在检出至少1条特异性序列时，即有可能提示感染，建议结合临床证据来解读，如是否有影像学证据支持。

由于医院-实验室环境污染和低产出率的平衡，有研究认为NTM的特异性序列数(属或种水平)在细菌列表前10位时被定义为阳性。临床经验建议NTM检出10条以上特异性序列时，考虑感染可能性较大，仅有极少量检出序列时存在标本污染或定植的可能性。

真菌(主要包括曲霉属、毛霉属、隐球菌属与双相真菌等)通常基因组较大，并且存在较厚的细胞壁，同样存在核酸提取效率低的情况。即使前期进行了破壁处理，其检出的特异序列数相对其他微生物仍然较少。因此对于真菌的鉴定，有研究认为，mNGS检出真菌(种水平)的特异性序列数是任何其余真菌的5倍以上，判断为阳性。由于不同检验机构mNGS流程、方法存在差异，检出结果有一定误差。对于上述检出较为困难的微生物，除了结合临床证据，建议和其他微生物检出技术交叉验证，如特异引物的PCR等分子生物学检测、GM试验等血清学试验等，进一步确认或排除病原微生物。如果临床有疑似难检出的病原体感染，在报告中未列举，建议追溯原始数据进行复核，在报告阈值之外考虑可能的原始检出病原体。

对HAP/VAP患者进行mNGS，主要集中三个方面进行结果的判读：(1)如果某种病原体较其他病原体相对丰度有较大(数量级)优势，可能会是责任病原体。HAP/VAP患者气道和(或)人工气道易有不动杆菌属、假单胞菌属、嗜麦芽窄食单胞菌等定植，即使检出有较大丰度优势，仍需结合临床特点及影像学表现考虑是否为致病原；(2)如果检出相对丰度低，且患者无相关的临床表现，该检出是定植或污染的可能性大；(3)若在同时送检的呼吸道标本和外周血标本中检测到相同的病原，判断是致病原的可能性大。

呼吸道定植病原体在免疫低下或呼吸道屏障功能破坏时，可能会由定植转为致病，如金黄色葡萄球菌、嗜麦芽窄食单胞菌、洋葱伯克霍尔德菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、念珠菌属或部分病毒等。深部痰标本或BALF检出以上病原体，也需要重点关注并综合患者的临床表现和其他病原学检测手段综合判定。常见呼吸道感染病原体仍是免疫缺陷患者最常见的致病菌，在免疫缺陷患者和有基础性疾病患者呼吸道中检测到真菌如耶氏肺孢子菌、曲霉、隐球菌、马尔尼菲篮状菌等，DNA病毒如腺病毒、CMV及EB病毒等，RNA病毒中鼻病毒等，序列数及相对丰度较低时，仍需考虑为致病菌。

强/烈性传染病病原体，指《中华人民共和国传染病防治法》中规定的甲类和乙类传染病病原体，大部分病毒为高传染性病原，符合《人间传染的病原微生物目录》中的第一类和第二类规定。

如送检mNGS报告出高传染性疾病病原体，应根据当地卫生行政部门制定的报告程序上报，同时做好相应的防范隔离措施。对于人畜共患高致病性和高传染性病原体，如狂犬病病毒、布鲁菌及人感染高致病性禽流感病毒等，如有检出，除复核，并上报地方疾病预防控制中心进行验证，若确证试验阳性，按传染病要求上报系统。

采样、检测过程可能受环境广泛存在微生物的影响，尤其对于这类病原体检出序列数及相对丰度较低时，污染来源可能性相对更大，需结合临床其他检测手段及患者临床表现来判断此病原体为责任病原体的可能性。如NTM中的很多菌种广泛存在于自然界中，当mNGS检出病原体种类较多，其中少见致病的NTM(如耻垢分枝杆菌、戈登分枝杆菌、蟾分支杆菌等)相对丰度及序列数相对较低，则需考虑环境污染可能。此外，军团菌、曲霉属及阿米巴等，也都广泛存在于自然界中的水、土壤和空气中，军团菌主要在人工水环境中居多，嗜肺军团菌是引起军团菌病的重要的菌种。曲霉属的烟曲霉、黄曲霉及黑曲霉为主要致病菌。因此当有低序列数的非嗜肺军团菌和其他曲霉菌等检出时，最终都需要结合相关临床表现、影像学进行判读，同时有必要采用其他方法进行验证确诊。

对于肺脓肿、坏死性肺炎患者，需考虑经由咽、口、鼻腔等途径吸入病原体。厌氧菌占肺脓肿病因的60%~80%，如具核梭杆菌、星状链球菌、脆弱拟杆菌、中间普雷沃菌、微小单胞菌、牙龈卟啉单胞菌、福赛斯坦纳菌及齿垢密螺旋体等，痰标本或BALF检出大量口腔厌氧菌，需结合病史、肺部影像学考虑是否为致病微生物，必要时进行其他类型标本验证；若经皮穿刺肺组织检出大量口腔厌氧菌，需考虑为致病病原体。

临床应用中，常有同一患者多种类型标本同时检测的情况，如BALF与外周血，多标本检测为致病菌判断提供了更多参考信息，尤其对于呼吸道这类存在多种定植菌的标本鉴别价值大，若有一致检出，则需重点关注，不一致时需要结合其他因素综合分析。

本文节选自《呼吸系统感染中宏基因组测序技术临床应用与结果解读专家共识》

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