感染人类免疫缺陷病毒（HIV）后，能确定传染源吗？

这得看具体情况。

通过流行病学调查，如果HIV感染者与疑似传染源之间的传播关系明确、且能排除其他的传染源，可以确定两者间的传播关系。然而，当存在多个疑似传染源，或者因利益关系需要提供传播证据时，就需要利用分子流行病学检测获取更直接的证据。因此，HIV传播调查结果的可靠性依赖于传统流行病学调查和分子流行病学检测的有机结合。

HIV传播调查可用于HIV职业暴露感染认定、医源性感染调查及司法调查等方面。

我国有较为完善的HIV职业暴露处理程序。根据《职业暴露感染艾滋病病毒处理程序规定》，医疗卫生人员及人民警察等发生职业暴露后，在暴露后24小时内、4周、8周、12周、6个月（必要时延长至1年）要定期检测HIV抗体，监测暴露人是否发生HIV抗体阳转。对于暴露源阳性，有“艾滋病病毒职业暴露个案登记表”，在暴露后24小时内检测HIV抗体为阴性，随访期内HIV抗体阳转的暴露者，为HIV职业暴露感染。然而，在特殊情况下，HIV抗体阳转的证据不足以认定HIV职业暴露后感染，比如暴露人在暴露前已感染HIV但处于检测窗口期而未被发现，或暴露后随访期内又发生了可能感染HIV的其他高危行为，此时需要进一步采用分子流行病学检测进行职业暴露感染认定。HIV职业暴露处置和感染调查分别由属地卫生行政部门指定的职业暴露处置机构和调查机构承担。

由于缺乏类似职业暴露处理的可靠证据，HIV医源性感染和司法调查的难度较大，一方面对流行病学调查结果的可靠性要求高，另一方面对分子流行病学检测证据的需求更大。

1.推断毒株间的亲缘关系：HIV具有高度变异性，源病毒株在感染者体内迅速分化，形成一系列准种群（Quasispecies）。由于HIV感染者与其传染源体内源病毒毒株间的亲缘关系要高于与其他感染者体内毒株间的亲缘关系，通过分析HIV感染者与其疑似传染源体内HIV毒株之间的亲缘关系，可提示该感染者与其疑似传染源之间是否存在传播关系。

2.推断感染者之间的传播方向：HIV在感染新个体时，会出现“传播瓶颈”，在大部分初次感染HIV的案例中，感染者只感染传染源体内的一个或少数几个准种。HIV的高变异性使感染者体内毒株在进化过程中突变为多个虽有一定联系、但差异明显的准种，短时间内感染者体内这些准种与其传染源体内源病毒株所属准种群间的亲缘关系要高于传染源体内其他一些准种群间的亲缘关系。在利用核酸序列构建的系统进化树中，传染源的部分HIV准种群与感染者的HIV准种群存在并系关系（Paraphyletic relationship），可以据此推断感染者之间的传播方向。

综合国内外相关文献报道，HIV传播调查的基本流程如下：① 根据流行病学调查结果确定待分析样本；

② 鉴定待分析样本的HIV基因型、基因亚型，若基因型或基因亚型不同，可直接排除传播关系；若基因型和基因亚型均相同，则做进一步分析；

③ 选择适宜的方法对HIV的基因区片段（通常选用env基因区等高度变异的片段）进行PCR扩增、测序，得到多个准种群的核酸序列；

④ 对准种群序列进行分析，通过计算基因离散率推断毒株间的亲缘关系，通过构建系统进化树推断感染者之间的传播方向；

⑤ 结合流行病学调查结果，推断HIV传播关系。

巢式PCR产物直接测序方法操作简便、技术成熟，可以分析HIV毒株的基因型、基因亚型，也可以通过计算基因离散率推断毒株间的亲缘关系，不足之处是只能获得优势毒株的核酸序列，无法推断感染者之间的传播方向。基于准种群分析的实验室检测方法能够同时获得多个优势准种群和弱势准种群的核酸序列，可以在准种群水平上推断毒株间的亲缘关系、从而推断感染者之间的传播方向。

已报道基于准种群分析的实验室检测方法有巢式PCR产物克隆测序法、单基因扩增测序法（SGA）、二代测序等。同时使用2个或2个以上基因区片段的分析结果可以起到相互补充和相互支持的作用。

虽然分子流行病学检测可以为HIV传播调查提供直接的实验室证据，但它离不开流行病调查结果的支持，实验室方法本身也存在一定的局限性。例如：① 如果采样前感染者和/或传染源接受过抗病毒治疗，PCR扩增的成功率会降低；② 如果采样距发生传播的时间过长，调查结果的可靠性会降低；③ 实验室检测方法和目的基因片段的选择对分析结果也会产生不同程度的影响。