微生物界与人类生存息息相关，据世界卫生组织今年5月5日公布的数据显示，新冠疫情在全球共造成692万人死亡。但是疫情后，对人类生命威胁最大的感染是耐药细菌的感染。医院是耐药细菌的储存库与放大器，如果不能做好院内感染细菌的防控，即便患者手术和治疗再成功，也可能死于院内感染。

在疫情前，张文宏教授的团队就一直在捕捉院内感染细菌的踪迹并试图实施精准防控。7月7日，国家传染病医学中心/复旦大学附属华山医院张文宏团队在《国际抗菌药物杂志》（International Journal of Antimicrobial Agents）在线发表了题为“Genomic tracking and precise control of Klebsiella pneumoniae transmission in a newly established hospital: A prospective molecular epidemiological study”(在新建院区应用基因组追踪和精准感控肺炎克雷伯菌的传播: 一项前瞻性分子流行病学研究)的研究论文。

研究者在新建医院进行肺炎克雷伯菌的全基因组测序监测，一旦发现院内超级细菌的传播，立即启动集束化（Bundle）干预措施进行对超级细菌的捕捉与控制。这项研究首次评估干预前后精准感控措施的效果，对后续院内感染防控的监测提供了更精确的监测手段和防控手段。

复旦大学附属华山医院张怡、武汉大学公共卫生学院江琦为该论文的第一作者。复旦大学附属华山医院张文宏、金嘉琳为通讯作者。

本前瞻性研究在一所新建的三级医院开展，收集了医院从没有耐药菌到出现耐药菌株的全过程。为了明确传播簇的引入和扩张机制，研究者选择新建院区进行传播簇从无到有的过程剖析。为了明确院内的菌株遗传背景，对第1年内的碳青霉烯敏感肺炎克雷伯菌（Carbapenem sensitive Klebsiella pneumoniae，CSKP）和CRKP菌株都进行了测序检测，在后续观察到CRKP的传播事件后开始集中对CRKP进行分析。通过分析细菌的传播途径后，实施和优化干预措施。干预措施参考了国际的集束化干预措施，包括追溯传染源病例、缩小防控范围和排除传播链。除此之外，其他干预措施包括重点人群直肠拭子CRE筛查、手卫生、接触预防、环境消毒和宣传教育等。

研究结果显示，在医院的建立过程中，菌株的遗传背景在不断发生动态变化。研究一共鉴定的22个基因组传播簇包括了85名患者，每个传播簇包括2~18名患者。含有≥5例以上患者的5个传播簇被认为是大型传播簇。

通过各个传播簇的分布时间所示，研究发现肺炎克雷伯菌的院内优势株克隆的发生和扩张主要来自医疗机构多个输入的CRKP病例同时引起的传播事件。菌株为ST11分型、四环素耐药以及患者的ICU居住史是成簇传播的危险因素，而携带毒力基因rmpA和来源于肛拭子的菌株传播扩散的几率较小。

传染源病例的基础疾病状态（GCS评分低）和菌株的基因组特征（四环素耐药，不携带rmpA基因）为较大传播事件（≥5例）的驱动因素。

通过比较干预前后的院内获得肺炎克雷伯感染的比例，发现基因组测序监测结合集束化措施干预后该比例下降2.25倍。

团队既往已经在《细胞和感染微生物学前沿》（Frontiers in cellular and infection microbiology）,《感染和耐药》(Infection and drug resistance)杂志等多个杂志发表研究，显示应用全基因组测序明确院内CRKP传播的路径和成簇情况，证实在传播簇中存在质粒差异，同时通过深度采样发现环境是传播媒介以及传播可能的驱动力来源，为精准感控的可及性提供了技术支持和理论基础。

这项研究对于分析院感的发生以及如何采取精准防控提供了重要线索：

1.在病原传播的过程中，这项研究对于院感的发生做了病原从发生、传播和扩张进行“从无到有”的分析，对了解病原的传播性和流行过程具有重要的意义，这也是本研究对CRKP院感发生的原因所做出的科学回答。

2.在院内感染CRKP患者的临床特征上，既往研究仅对于院内感染人群进行了危险因素分析，鉴定了更容易造成传播事件的传染源病例的临床特征，对肺炎克雷伯菌传播的发生和扩张给予精准的防控。