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三代纳米孔测序及靶向高通量测序（tNGS）如何用于呼吸道病原体检测?

2024-06-10作者：论坛报小璐资讯

非原创

tNGS是结合基因扩增和高通量测序的一种针对目的基因序列进行测序的方法，与mNGS相比能富集特定病原体靶基因，增加检测灵敏度，且简化了生物信息学分析，但会漏检非靶向基因序列，不具备mNGS检测非预见病原体的能力，且在文库制备上需要更多的时间和试剂。

1. 靶向纳米孔测序

Zhang等对146例疑似下呼吸道感染患者相关标本进行研究表明靶向纳米孔测序鉴定病原体的灵敏度高于传统培养（91.1% vs 25.3%），且检出更多细菌感染和混合感染，可在16～17 h得到结果，并可用于测定耐药基因，是早期快速识别下呼吸道感染病原体的有效手段。Liu等对疑似肺结核患者BALF和痰标本进行分枝杆菌生长指示管法培养、XpertMTB/RIF方法和通过靶向扩增IS6110、rpoB、hsp65和gyrB四个序列应用纳米孔测序来鉴定结核分枝杆菌，结果显示三种检测方法诊断肺结核的灵敏度分别为48.28%、41.38%和75.86%，特异度分别为65.38%、100%和80.77%。

2. mNGS和tNGS应用于呼吸道病原体检测的对比

Gaston等比较了基于Illumina平台tNGS和mNGS对BALF病原微生物检测的能力，发现相较于复合临床标准，tNGS和mNGS检测能力相似，总体准确率为65.6%和67.1%，阳性一致率为45.9%和56.6%，阴性一致率为85.7%和77.2%。Li等对102例成年肺炎住院患者标本（包括血液、合格痰液、BALF、胸腔积液和淋巴结组织）进行tNGS和mNGS检测结果比较，该研究中tNGS检测只针对了153种病原体，mNGS仅进行了DNA检测，结果发现两种方法总微生物检出率无显著差异（82.17% vs 86.51%），mNGS检测出20种tNGS未检测出的微生物，tNGS检测出mNGS未检测出的鼻病毒A/B/C（单股正链RNA病毒），表明tNGS病原体检测范围虽没有mNGS广，但对呼吸道病原体的检测是有效的，并能同时检测DNA和RNA病原体。这些研究显示tNGS具有与mNGS相似的出色检测能力。由于tNGS具有更加便宜的价格，其在实际应用中也可能更易被患者接受。

节选自《呼吸道病原体检测方法研究进展》作者马鹏程，陈愉

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