在董家鸿院士和魏来教授带领下，融合肝胆外科、肝胆内科、肝移植、肝胆介入、肝胆肿瘤、肝脏ICU等专科，组成专家阵容强大且技术实力雄厚的整合式肝癌中心，打破了传统诊疗模式的专科壁垒与局限，为患者提供“一站式”跨专科综合诊疗，成为享誉全国的重病医疗品牌。肝癌中心运用精准肝胆外科范式，创新开展一系列具有世界领先水平的肝癌诊疗技术，包括AI精准外科手术规划系统、靶肝段增强染色切除术、机器人肝切除术、体外肝切除自体肝移植术、介入放射治疗（钇-90放射性微球）、进展期肝癌的转化切除治疗和超适应证肝癌降期肝移植等，成功诊疗大批病情危重的肝癌病患。

自2018年起，北京清华长庚医院先后获得全部六种实体器官移植资质，构建起以肝移植为引领，肝、肾移植高质量快速发展，心、肺、小肠移植特色化全面发展的高水平器官移植中心。除各类常规器官移植手术外，中心还开展了包括极危重超低体重婴儿亲体肝移植、双供肝活体肝移植、慢性移植物失功再次肝移植、肝肾联合移植、自体小肠移植、改良腹腔器官簇移植、体外肝切除、自体余肝移植等复杂疑难手术。2021年，医院获批北京市人体器官获取与移植质控中心主任委员单位；2022年，医院获评首批北京市人体肝移植与肾脏移植医师培训基地。

神经中心主任王贵怀带领神经外科团队，开展手术治疗脊髓肿瘤5000余例，多次成功挑战20cm以上巨大脊髓髓内肿瘤的外科治疗。团队开展的脊髓肿瘤，涵盖了脊髓内外多种类型，包括髓内和髓外肿瘤、神经纤维瘤、脊膜瘤等，在切除过程中，采用神经监测技术和术中电生理监测技术，保护脊髓和神经功能。应用多模态影像引导技术和术中超声辅助技术，复杂脊髓髓内肿瘤切除。

在心血管疾病急救方面，在副院长、心血管中心主任张萍教授的带领下，医院全面推动“国家胸痛中心”的建设，在国内应用冲击波球囊（IVL）、准分子激光联合旋磨等，并起草了冲击波球囊应用专家共识；开展无创冠状动脉血流储备分数（QFR）测量、血流储备分数测定（FFR）、血管内超声（IVUS）、光学相干成像（OCT）、心肌血流储备分数（CMR）等技术；并应用数字疗法开展了冠心病患者的全周期管理。在脑血管疾病急救方面，在神经中心主任武剑教授的带领下，医院现为国家“高级卒中中心”，国家卫生健康委员会“脑出血外科诊疗中心”建设单位，医院建立脑卒中诊疗“一站式”绿色通道，神经内外科联合值班保障卒中绿色通道介入治疗无间断进行；深入研究神经介入新技术，开展经桡（远桡）动脉脑血管造影术，经桡动脉急性脑血管闭塞取栓术等；神经内科建立了高危卒中单元病房，保障脑卒中绿色通道重症患者后续救治的水平。

副院长、心血管中心主任张萍教授带领团队，建立了结合遗传分析和临床表型的标准化遗传性心律失常诊疗体系；建立了国内大规模的LQTS（长Q-T间期综合征）患者数据库和CPVT（儿茶酚胺敏感性多形性室性心动过速）患者数据库，进一步实现了LQTS患者以及CPVT患者的精准分型、风险评估和基因型指导的精准治疗；报道了中国第一例SQTS（短QT间期综合征）患者，总结了SQTS诊疗特征，利用CRISPR技术构建了遗传性心律失常人源性干细胞模型，发现了肽毒素在SQTS治疗中的潜在价值；建立了布鲁格达综合征、早复极综合征等其他类型遗传性心律失常的诊疗规范；将深度学习应用于心电图关键波群定位，开发了12导联静息心电图智能诊断系统，实现遗传心律失常的智能辅助诊断，识别猝死高危心电图信号。

骨科与运动医学中心主任余家阔教授，带领团队重点针对关节、脊柱和创伤骨科运动创伤，尤其是职业运动员运动创伤，构建了系统的病因、诊断、治疗、康复和功能评估创新研究体系及临床治疗与重返运动诊疗体系，产出了一批医工交叉转化成果。所研发的系列膝关节个性化智慧型微创结构和功能重建产品已获6张国家药品监督管理局三类医疗器械注册证和2张二类医疗器械注册证，已在临床推广应用。智慧骨与关节外科研发的膝关节前交叉韧带双数重建与全能重建导航和手术机器人获得国家药监局三类医疗器械注册证，推动了运动创伤诊断从AI辅助诊断，上升到智慧术前规划导航和智能机器人手术。

内科部部长、消化中心主任姜泊教授，消化内科、内镜中心主任黄永辉教授，带领团队进行各种复杂疑难消化系统疾病的诊断和内镜下治疗，包括消化道早癌、消化道黏膜下肿物、贲门失弛缓、消化道狭窄，各类胆胰系统疑难疾病等。团队创新性提出了十二指肠乳头成型术(ECPP)、肠内延伸型胆管支架等多项原创技术。ERCP（经内镜逆行胰胆管造影术）联合EUS（超声内镜检查术），为长期饱受胃肠改道手术后胆管结石、胆肠或胰肠吻合口狭窄等远期并发症折磨的患者带来了精准微创的临床路径，为既往临床束手无策或需要外科再手术的疾病提供了新的微创治疗手段。

医疗总监、胃肠肿瘤首席专家李国新教授，带领团队提出了微创解剖学新理论，建立了胃癌精准微创外科新技术，研发了精准诊疗新产品。牵头完成腹腔镜治疗局部进展期胃癌的多中心（CLASS-01）临床研究，贡献了腹腔镜微创治疗局部进展期胃癌的Ⅰ级证据。系列成果发表于JAMA、JCO、Ann Oncol等国际顶级期刊，改写了NCCN（美国国立综合癌症网络）等国际国内权威指南，团队受邀在国内外专业会议手术演示200余次，被誉为胃癌微创外科的“中国方案”。

外科部副部长、泌尿外科主任李建兴教授带领团队深耕泌尿系结石病因诊断及微创治疗领域。创新引领超声定位经皮肾镜技术，减少了肾脏邻近脏器的损伤；倡导并推广“两步法”建立标准通道，解决了手术瓶颈难题；创新研发了软硬质一体经皮肾镜，攻克了传统硬质肾镜无法拐弯至平行肾盏的难题；创新研发了needle-perc（针状肾镜），直径1.3毫米，具备可视穿刺、碎石功能，并在此创新基础上，创建针状肾镜辅助内镜手术（NAES）理论体系。建立了泌尿系结石病因诊疗清华长庚体系，系列创新技术已在国内外推广应用。

肿瘤外科主任李雁教授带领团队专注于胃癌、结直肠癌、卵巢癌、腹膜假黏液瘤、腹膜恶性间皮瘤等各种来源腹膜癌及腹膜后肿瘤的手术综合治疗，创建了以规范化肿瘤细胞减灭术加腹腔热灌注化疗为核心的腹膜癌综合诊疗新模式，实现了腹膜癌诊治技术的革命性突破。团队主持制定了《细胞减灭术加腹腔热灌注化疗治疗腹膜表面肿瘤的专家共识》、《肿瘤细胞减灭术加腹腔热灌注化疗治疗腹膜假黏液瘤专家共识》，并参与制订腹膜癌相关的国际指南。

妇儿部部长、妇产科主任廖秦平教授带领团队，历时21年，针对女性下生殖道感染“机制不清、检测不准、疗效不佳”三个科学问题，取得了系列创新成果，获得国内外广泛认可并推广应用。廖秦平团队在大量的临床及基础科研工作的基础上，提出了阴道微生态平衡理论。建立适合中国国情的阴道微生态评价体系和下生殖道感染精准诊断平台。根据阴道微生态理论，研发出微生态诊断设备，精确地提高了阴道炎的诊断水平。迭代升级建立了我国AI+5G行业标准，实现了阴道感染诊断的信息化、智能化。同时建立了HPV精准分型理论，研发HPV精准检测设备，制定我国宫颈癌筛查新战略和女性生殖道感染的系列诊治标准，并定义混合性阴道炎的概念。协助研发重建阴道微生态的药物，对已有中成药将经验治疗更新为根据微生态诊断结果进行精准治疗，成果写入临床治疗指南。

儿外科主任李龙教授带领团队提出胎儿胆道闭锁的诊断标准，将胆道闭锁的诊断年龄提前到新生儿期；在国内广泛开展新生儿胆道闭锁手术；创新性地提出了二次葛西手术（肝门-空肠吻合术）的新术式；开展了胆道闭锁合并内脏转位、门体分流、肠旋转不良、吻合口漏、门脉高压等系列疑难复杂病例。