甲型流感病毒根据表面糖蛋白血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）的不同，分为18种HA亚型和11种NA亚型。其中，人类流感主要与H1、H2和N1、N2亚型有关。禽流感某些亚型如H5N1、H9N2、H7N7、H7N9型可通过抗原变异直接感染人类。

部分甲型流感病毒呈球状，由包含HA、NA和膜蛋白2（M2）3种跨膜蛋白的脂质双分子层组成病毒的外壳；HA和NA为突出病毒表面的糖蛋白，其中HA约占跨膜蛋白总量的80%，NA约占跨膜蛋白总量的17%。病毒外壳下面是病毒的M1蛋白，M1蛋白下层连有包含病毒基因组的病毒核糖核蛋白（vRNPs）。病毒的基因组是由8个单链负义的病毒RNA（vRNA）组成。

甲型流感病毒的病毒基因组主要编码11种病毒蛋白，分别命名为碱性聚合酶蛋白1（PB1）、碱性聚合酶蛋白2（PB2）、碱性聚合酶蛋白1-F2蛋白（PB1-F2）、酸性聚合酶蛋白（PA）、HA、NP、NA、M1、M2、非结构蛋白1（NS1）和出核转运蛋白（NEP）。

vRNPs需要进入细胞核后才能开启病毒的转录和复制的过程。病毒聚合酶蛋白包括PB2、PB1和PA3种蛋白，主要在vRNPs入核、病毒复制和转录过程中发挥作用。HA蛋白在决定流感病毒抗原性、病毒进入宿主细胞过程等方面起作用，NA蛋白则帮助成熟的子代病毒从宿主细胞表面释放。M1蛋白和M2蛋白在vRNPs进入细胞质的过程中发挥作用。病毒NS1蛋白是病毒的干扰素拮抗剂。NEP则主要介导vRNPs通过CRM1依赖途径从细胞核中输出的过程。PB1-F2蛋白通过破坏线粒体来诱发免疫细胞凋亡，从而达到抗宿主免疫的功能。

不同亚型甲型流感病毒对哺乳动物的致病机理并不完全相同。甲型流感病毒在不同宿主之间频频发生跨种传播，对公共卫生安全危害巨大。

乙型流感病毒宿主特异性较强，目前报道主要感染人和海豹。乙型流感病毒的基因组也分为8个节段，编码11个蛋白，分别为3种聚合酶蛋白PA、PB1、PB2，核蛋白（NP），非结构蛋白（NS1），核输出蛋白（NS2），基质蛋白（M1），离子通道蛋白（BM2）和3种表面糖蛋白（HA、NA、NB）。乙型流感病毒虽无亚型，但根据HA的抗原性可分为2个系统，即Victoria系和Yamagata系。

流感病毒感染宿主后，首先通过HA与细胞表面的唾液酸受体结合，接到了病毒的吸附与进入。

但与甲型流感病毒不同，乙型流感病毒的HA与唾液酸受体的结合力较弱。乙型流感病毒进入宿主后，首先触发的是机体的天然免疫应答，且诱发的天然免疫应答比甲型流感病毒更早更快。Trevor等研究认为这与入核时间有关，乙型流感病毒的vRNP是通过细胞内吞作用的前段级初级内体入核，而甲型流感病毒的vRNP则是通过细胞内吞作用的中段级次级内体入核。

与甲型流感病毒相同，乙型流感病毒诱发的抗体主要是针对HA蛋白产生的。乙型流感病毒不像甲型流感病毒在自然界中存在中间宿主，因此不会引起流感大流行。

除具有季节性局部流行的特点外，乙型流感病毒尤其对儿童、青少年及老人等特殊群体易感。据美国流感研究与监测中心报道，2010-2011年间因流感病毒感染死亡的儿童病例中被确诊为乙型流感病毒感染的比例高达38%。Walther等在对乙型流感病毒感染病例的研究发现，在乙型流感两个谱系中相对于Yamagata系，Victoria系对儿童更易感，分析其原因发现与受体结合的偏好性有关。

丙型流感病毒颗粒比甲型和乙型流感病毒颗粒略大，形态学上呈异质性，主要感染人和猪。自1947年第一株丙型流感病毒分离以来，其抗原性一直非常稳定，不同丙型流感病毒株的基因组结构很相似。

与甲型和乙型不同的是，丙型流感病毒的基因组是由7个分节段的单股负链RNA组成。其特征是第4节编码的HEF蛋白是病毒颗粒的表面糖蛋白。丙型病毒第6节编码CM1和CM2蛋白，其功能分别相当于甲型病毒的M1和M2蛋白。第7分节编码NS1和NS2蛋白。

丁型流感病毒与丙型流感病毒一样含有7种基因组节段，主要感染猪和牛。

HEF是丁型流感病毒种最易变异的基因组节段，主要用于该病毒的系统演化分析。根据HEF的序列差异，丁型流感病毒被分为5个不同的遗传演化谱系，分别为D/OK、D/660、D/Yama2016、D/Yama2019和D/CA2019。

在我国，丁型流感病毒最早于2014年在山东的养牛场被发现。研究表明，丁型流感病毒可在牛中引起轻度至中度呼吸道症状，而且病毒能够在牛的上、下呼吸道中复制。

丁型流感病毒是否具备人畜共患潜能仍无定论，迄今为止没有直接证据表明，丁型流感病毒可在人体内致病或在人群之间传播。