宏基因组二代测序（mNGS）在新生儿感染性疾病中具有广阔的应用前景，但现阶段在新生儿重症监护病房（NICU）实践中仍存在一定的局限性及问题。

一、mNGS在NICU感染性疾病中的应用

共识 1：患儿具有急危重症表现，不除外感染，或有继发或并发危及生命的严重感染，需要尽快明确病原体，建议常规检测的同时送检mNGS。

共识 2：高度怀疑患儿存在新生儿血流感染甚至败血症时，若经验治疗3 d效果不佳且常规微生物学检查送检阴性，建议调整经验抗微生物治疗方案的同时采集血液样本送检mNGS。推荐DNA测序作为血流感染的首选检测方法，在高度怀疑RNA病毒感染的情况下可同时进行RNA测序。

共识 3：对于疑似中枢神经系统感染的患儿，条件允许的情况下建议留取常规、生化及微生物检查所需脑脊液的同时留取mNGS所需脑脊液，若脑脊液检查结果提示常规和（或）生化指标异常且常规微生物检测阴性且经验性抗感染治疗3 d无效，建议立即送检mNGS。

共识 4：对于疑似呼吸道感染的重症患儿，常规微生物检查（培养或核酸检测）阴性且治疗3 d无效，可送检mNGS，应同时进行DNA及RNA测序。样本类型优先选择肺泡灌洗液，其次考虑气管插管下获得痰液及鼻咽拭子样本。

共识 5：疑似新发病原体、临床上提示可能有一定的传染性，或者疑似特殊病原体或罕见病原感染，常规微生物检测方法阴性，建议尽快完善mNGS。

共识 6：疑似存在混合感染，常规微生物检查结果不能解释临床表现的全貌或抗感染治疗的反应，经验性治疗3 d无效时，建议进一步完善常规检测的基础上，开展mNGS。

共识 7：出现某种感染性疾病的聚集性发病或者疑似院内感染暴发，在常规快速检测不能明确病原时，建议开展mNGS。

共识 8：疑似局部感染，如眼部（角膜炎或溃疡、眼内炎、急性视网膜坏死等）、鼻部、耳部或局部蜂窝织炎等，在常规微生物检测未能明确病原情况下，可开展mNGS。

共识 9：由于各种原因导致的胸腔积液及腹腔积液，在送检常规生化及培养的同时留取胸、腹腔积液样本，若常规、培养阴性或经验性抗感染治疗3 d无效，仍怀疑感染所致者，建议立即送检mNGS。

共识 10：对于mNGS检测阴性但临床高度怀疑感染的患儿，必要时再次取样复查mNGS。 

共识 11：对常规微生物学检查容易明确病原体且经验治疗通常有效的感染，不建议常规进行mNGS检测。不建议应用mNGS评估抗感染治疗效果。

二、标本采集和转运

共识 12：各类型样本采集需要无菌操作，血液、高凝状态的胸腔积液、腹腔积液、脑脊液样本，采集后需上下颠倒混匀5~10次。非血液标本采集通常采用带螺旋盖的无菌冻存管，但预期可能凝集的标本及血液样本需采用专用采血管。所有样本采集完成后，均需要封口膜密封，条码标记。

共识 13：推荐直接从患儿感染部位的体液或组织中采集样本。 

共识 14：患儿存在感染表现但病情危重或不能耐受有创操作时，可考虑采集患儿的血液标本进行常规微生物方法检测的同时送检mNGS。

三、报告解读

共识 15：解读mNGS检测报告应参考检测方法的数据和检出病原序列数量、基因组覆盖度、微生物丰度等指标，结合标本采集部位、检出病原的致病特性以及患儿临床资料进行个体化解读。

共识 16：源于微生物正常定植部位的标本（例如支气管肺泡灌洗液），鉴别检出序列是属于致病微生物、污染物，还是定植菌群较为困难，应综合患儿临床表现及辅助检查综合判断。

共识 17：在新生儿群体中谨慎应用mNGS进行耐药基因检测。只有标本来源于无菌区（如血液、脑脊液）且标本采集过程污染概率极低时，可考虑检测耐药基因。建议检测单位选择筛选具有重要临床意义的耐药基因进行报告，意义不明确、干扰临床解读的耐药基因应慎重报告；建议临床对报告的耐药基因慎重解读，综合报告病原菌、患儿基本情况、临床药敏结果等多个因素进行判断。

本文节选自《宏基因组二代测序计数在新生儿感染性疾病中的临床应用专家共识》