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《柳叶刀•微生物》是国际感染病学领域的顶级学术期刊，提供了感染病学基础和临床研究的最新和权威报道。本期为大家带来浙江大学医学院附属第一医院、浙江大学医学院附属邵逸夫医院、浙江省人民医院等合作完成于2024年4月刊发在该杂志的《全基因组捕获测序揭示中国大陆地区肺炎支原体分子流行病学及耐药突变特征》研究。
⾃2023年10⽉中旬以来，中国大陆地区肺炎支原体病例较2022年显著增加。然而，目前仍然缺乏有关中国肺炎支原体的流行病学和耐药率的数据，这可能与肺炎支原体本身难以培养有关。这种诊断挑战的存在使得基于新一代测序技术的分子诊断方法成为被期待的手段。本研究的目的是通过全基因组捕获测序揭示中国大陆地区肺炎支原体的流行及耐药特点。
这是一项多中心回顾性研究，收集浙江大学医学院第一附属医院、浙江省人民医院等医院的成人或儿童的肺炎支原体阳性的肺泡灌洗液样本，样本来自中国七个地区（包括西南、西北、中部、南部、东南、北部和东北），并对这些样本进行基于肺炎支原体全基因组捕获测序的分子流行病学分析，包括核心基因组MLST (cgMLST)和MLST分析、系统发育分析及耐药突变分析。
从2021年6月到2023年12月期间，在中国七个地区的106名儿童和130名成人中收集了236个肺炎支原体阳性肺泡灌洗液样本。
有91个样本适合多位点序列分型(MLST)。MLST分析提示：序列类型(ST) 3 (n=63，69.23%)和ST14 (n=21，23.07%)是主要的肺炎支原体流行株，其次是ST7 (n=7，7.69%)。核心基因组MLST (cgMLST) 和MLST分析的整合促进了236个样本中149个样本的可以进行分型，其中ST3 (n=104，69.79%)和ST14 (n=29，19.46%)是最常见的，其次是ST7 (n=13，8.72%)。
系统发育分析结果表明，全球流行的ST3 (P11型)和ST14 (P12型)肺炎支原体自2022年以来也一直在中国流行。
在236例肺炎支原体阳性样本中，168个样本产生了足够的测序数据能够满足耐药突变分析。结果表明23SrRNA中大环内酯类抗生素耐药相关基因突变率为88.10% (n=148)，均为A2063G突变。
我们的多中心研究结果表明，2023年底肺炎支原体在中国大陆地区出现了新的流行高峰，主要流行株对大环内酯类抗生素耐药。此外，我们的研究强调了高通量全基因组测序可以作为一种有效的诊断手段，在全国肺炎支原体流行病学调查和耐药监测方面发挥作用。
肺炎支原体的流行存在一定的周期性，我们的研究数据表明，2023年冬至2024年春，多家三甲医院的肺炎支原体的检出阳性率明显增加，并且总体形势与既往媒体报道的时间点基本一致。传统的细菌培养、PCR和血清学检测存在局限性，造成病原体流行病学数据和药敏数据匮乏。全基因组高通量测序的方法可成为诊断肺炎支原体并获得其流行病学与耐药情况的重要技术手段。
目前临床上对支原体培养困难、药物敏感性数据缺乏，我们的研究采用了高通量测序新方法，进行了耐药突变率及耐药突变分布的分析，证实了肺炎支原体对大环内酯类相关的耐药突变率确实处于较高水平。
未来的研究可进一步通过利用高通量全基因组测序等新型工具，实时、迅速地开展前瞻性的病原体分子流行病学研究。此外，鉴于本研究证实了肺炎支原体克隆传播存在地区差异，未来拟纳入更多不同地区的样本，使得分析结果更加能够代表每个地区。
- 浙江大学医学院附属第一医院-
浙大一院呼吸科副主任、教研室副主任
主任医师，博士研究生导师
美国芝加哥大学访问学者
中华医学会呼吸病学分会青年委员、感染学组委员
中华医学会内科学分会青年委员
中国医师协会呼吸分会感染工作委员会委员
中国老年医学会呼吸分会青年委员
中国医药教育学会感染性疾病专业委员会委员
浙江省医学会呼吸分会青委副主委、感染学组副组长
浙江省呼吸系统感染诊治联盟执行主席
主持国家自然科学基金3项、国家重点研发计划课题1项、浙江省尖兵领雁项目1项，以第一/通讯作者发表SCI论文50余篇，主要完成人获省部级奖励2项
本文由中国医学论坛报社呼吸与危重症编委会编委
复旦大学附属中山医院张静教授组稿
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