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五年的潜心研究,描绘脑膜炎奈瑟菌50年的耐药变迁与进化之路

2021-12-16作者:赵梦雅科研
科研非原创

(来源:华山医院抗生素研究所 王明贵 郭庆兰)


华山医院抗生素研究所与上海市疾病预防控制中心通过5年合作研究,先后在国际著名刊物PLOS MedicineIF=14)及Emerg Infect DisIF=8)发表研究成果,揭示了脑膜炎奈瑟菌50年来对喹诺酮类等抗菌药的耐药变迁、耐药克隆遗传特征与进化路径,为流脑的预防用药及疫苗研发方向提供指导依据,具理论及实用意义。


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脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis)是流行性脑脊髓膜炎(流脑)的病原体,可通过飞沫在空气中传播。我国是流脑高发国家,历史上曾发生多次流脑流行。流脑在儿童及青少年中多发,死亡率高达10% 

A群流脑疫苗的推广有效降低了流脑的发病率,然而脑膜炎奈瑟菌变异能力强,不断出现新的优势流行克隆。2003年,安徽出现C群流脑暴发流行,并迅速波及全国10多个地区,对人类生命健康造成了极大危害。


科学问题1:50年来,脑膜炎奈瑟菌的耐药性、流行克隆究竟发生了什么变化?


脑膜炎奈瑟菌分离困难,不易保存,对该细菌的耐药性及其变迁了解很少。华山医院抗生素研究所王明贵教授团队(王明贵、郭庆兰等)与上海CDC(陈敏、陈明亮等)及复旦大学上海医学院(瞿涤)协作,对上海市跨度50年的脑膜炎奈瑟菌菌株进行研究。


研究发现1. 揭示50年来上海地区脑膜炎奈瑟菌流行克隆的变迁


1965-1985年上海流脑流行克隆为A群CC5(以ST-5为主的ST-5complex)和CC1(以ST-3为主的ST-1complex),分别在1965-1973年及1974-1985年流行。CC5在1967年曾引起全国流脑大流行,并播散到东欧、俄罗斯等国,引起全球流行。

进入21世纪,我国流脑流行克隆发生转变。2005-2013年,CC4821成为上海流脑优势克隆群,以血清型C或B群ST-4821为主。其次为A群CC5,以ST-7为主(图1)。


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1.上海地区不同时期脑膜炎奈瑟菌临床分离株的进化分析


研究发现2. 揭示耐药性的变迁、发现特征性耐药克隆


喹诺酮前时代(~1985)上海地区分离的脑膜炎奈瑟菌对环丙沙星和左氧氟沙星均敏感,而近年分离的脑膜炎奈瑟菌对喹诺酮类的不敏感率超过70%

进一步分子分型研究发现2个耐药优势克隆与耐药性的形成有关,我们将其分别命名为ChinaCC4821-R1-C/BChinaCC5-R14-A克隆,其中以ChinaCC4821-R1-C/B最为多见。

ChinaCC4821-R1-C/B:与早期敏感株相比,此克隆的喹诺酮作用靶位DNAgyrA发生点突变,形成新的耐药R1型,此克隆为中国当代的特征性克隆。

ChinaCC5-R14-A通过获取未知来源的DNA,形成R14gyrA,介导耐药,耐药克隆在法国、瑞典等欧洲国家亦有发现。

除上述2个流行克隆外,其他耐药菌株的gyrA耐药型表现出显著的多样化特点,出现多达12种耐药基因型(R2-R13),提示喹诺酮选择压力对脑膜炎奈瑟菌进化的影响。


科学问题2. CC4821流行克隆如何进化而来?


华山医院课题组(王明贵、郭庆兰)联合上海CDC(陈敏、陈明亮)和美国匹兹堡大学(Mustapha MMDoi YHarrison LH),对具我国特征性的耐药克隆CC4821的分子进化机制进行了深入分析。

研究发现3. 发现CC4821耐药克隆的多种进化机制


早在20世纪70年代,上海地区已出现CC4821菌株的健康携带者及患者。基因组进化分析表明,CC4821菌株分为2组:

Group 1该组菌株属当代流行克隆,克隆间彼此遗传关系紧密,均携带PorA: P1.7-2,14型抗原及R1型喹诺酮类耐药基因,多来自患者,以血清群C为主。本组菌株染色体携带的R1型耐药基因由gyrA敏感型S1单核苷酸突变产生。S1敏感型基因主要存在于上海早期CC4821菌株及部分当代菌株。推测流行克隆可能由早期菌株进化而来(图2)。

        Group 2:此组包括早期菌株及部分当代CC4821菌株,其抗原及gyrA耐药基因型呈多样化,亲缘关系相对较远。此外,CC4821菌株存在广泛的重组事件,可能与早期克隆进化、表面抗原的获取、高侵袭优势克隆的形成有关(图2)。

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2.CC4821脑膜炎奈瑟菌株核心基因组系统进化分析

研究意义1. 指导流脑的预防用药

目前我国流脑的药物预防包括氟喹诺酮类、头孢菌素类、氯霉素、利福平及磺胺异噁唑等。此研究表明,上海脑膜炎奈瑟菌对氟喹诺酮类及磺胺类药物耐药性高,不宜作为流脑的预防用药,可酌情选择目前仍保持高敏感率的β-内酰胺类、阿奇霉素、利福平等药物。

研究意义2. 指导流脑的疫苗研发

CC4821克隆最初仅在中国大陆出现,近年世界上包括美国、英国、法国、加拿大、越南、印度、日本等多个国家出现CC4821感染或携带菌株。

值得注意的是,近年我国血清型BCC4821菌株逐渐增多,也有地区出现WCC4821菌株。鉴于CC4821克隆的高致病性与耐药性,临床危害大,而B群菌株不能被目前国内使用的血清型A+C群疫苗所覆盖,亟待加强监测与研究,有必要研发新的针对我国流行菌株的B群疫苗或同时覆盖B群的多价疫苗。


文献出处

1.  Chen M#, Guo Q#,Wang Y, Zou Y, Wang G, Zhang X, Xu X, Zhao M, Hu F, Qu D*, Chen M*, Wang M*.Shifts in the antibiotic susceptibility, serogroups, and clonal complexes of Neisseriameningitidis in Shanghai, China: a time trend analysis of the pre-quinoloneand quinolone eras. PLoS Medicine 2015; 12(6): e1001838.

2. Guo Q#, Mustapha MM#, Chen M, Qu D, Zhang X,Chen M*, Doi Y*, Wang M*, Harrison LH.. Evolution of sequence type 4821 clonalcomplex meningococcal strains in China, from prequinolone to quinolone era,1972–2013. Emerg Infect Dis 2018; 24(4): 683-690.

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