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质子泵抑制剂（PPI）由肝脏细胞色素酶P450（CYP450）代谢，主要通过CYP2C19和CYP3A4这2个同工酶。随着科学技术的发展和对PPI药代动力学的进一步认识，发现PPI在人体代谢受CYP2C19基因多态性的影响，主要分为快代谢、慢代谢及中间代谢型。
慢代谢药物清除慢，容易在体内积聚，可能引起药物不良反应。
快代谢则意味着药物清除快，胃酸抑制不完全，症状持续存在而导致难治性胃食管反流病（GERD）。
现可抽血进行CYP2C19基因型检测，从而进行个体化药物指导。但目前该法费用较高，开展的单位不多，限制了其临床应用。
此外，不同种类PPI的代谢也有所不同。埃索美拉唑镁比奥美拉唑的代谢慢很多。雷贝拉唑则主要通过非酶途径代谢，因此受CYP2C19基因型影响少。
PPI治疗后如存在残留酸反流、弱酸反流、非酸反流也可引起难治性GERD。pH阻抗监测有助于分析PPI治疗失败的原因。在无条件进行上述检查时，可根据经验更换PPI种类，再进行足疗程治疗。近年来，新型PPI，即钾离子竞争性酸阻滞剂（P-CAB）给GERD治疗带来新曙光。P-CAB为可逆型PPI，具有吸收快，与进食时间无关，受CYP2C19基因型影响少，快速持久地抑制胃酸分泌等优点。目前较为公认的是，抑酸的程度与食管炎的愈合密切相关。P-CAB具有更强的抑酸效果，理论上治疗GERD失败的比例也将大大降低。虽有研究探讨P-CAB在难治性GERD中的作用，但仍需大规模前瞻性研究证实。如pH监测显示难治性GERD为非酸反流所致，治疗策略应减少反流次数，目前尚无理想药物，治疗上十分棘手。
一过性食管下括约肌松弛（TLESR）还原剂（GABA-B受体激动剂）、疼痛调节剂和抗反流手术仍处于研究阶段。
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